在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护,被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中,在激烈的战斗中和同伴一起也成长了很多。
因为一护的生活,所生活的空座町发生了异变。
新的死神和新的敌人的出现,以及呼救声。
一护再次拿起斩魄刀,秀美味踏上战场。
另一方面,在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪并且死神们驻守的灵屋?瀞灵廷被贼军袭击。
贼军的真实身份是灭却师始祖?友哈巴赫所率领的“无形帝国”。
“无形帝国”向死神们宣战。
5天后,尸魂界被“无形帝国”歼灭
历经千年之久死神们所背负的因缘。
那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。
一切都走向终结。
黑崎一护,最后的战斗开始了——
某日,一群使用风遁之术的空忍空袭火之国,无数民众和忍者遇害,形势危急。据纲手大人所言,这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团,如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西(井上和彦 配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。