米林导演如处女作《借东西的小人阿莉埃蒂》一样，将原作的英国背景移植到日本，许多场景的绘制参考了北海道、钏路、厚岸、根室等地的实景。 边远而秀美的北海道札幌市，迎来了刚刚升入初中的12岁少女佐佐木杏奈（高月彩良 配音）。杏奈羞涩内敛，不善言辞，童年的悲伤经历令她深锁内心，与养母赖子（松岛菜菜子配音）有着厚厚的隔膜。
暑期到来，为了治疗哮喘，她乘车投奔养母居住在札幌的亲戚大岩夫妇——爱讲鬼故事的清正（寺岛进配音）和心宽体胖的阿节阿姨（根岸季衣 配音）。大岩家坐落于毗邻海边的小村庄，在纯朴自然的环境里，附近湿地中央一栋古旧却散发着独特魅力的西式建筑引起了杏奈的注意。那栋建筑似曾相识，仿佛勾起了心底被时光之尘所层层覆盖的遥远的记忆。杏奈向村里人询问它的来历，却得知那里已经数十年不曾有人居住。
在村中祭典的夜晚，杏奈和当地的初中生发生争执。心情低落的她逃离了人群，苦闷而抑郁的她独自登上小船，朝着湿地古屋划去，渴望找到一个无人的场所放声大哭。当船儿离对岸越来越近的时候，古屋内竟然亮起了灯光，接着从里面传来了女孩子的声音。杏奈张皇踉跄地上了岸，站在眼前的竟是一个金发碧眼、身着西式睡衣的美丽少女。她的名字叫玛妮（有村架纯配音），说着一口流利的日语。夜幕下玛妮赤裸着双脚，显得格外楚楚动人。
年龄相仿的两个女孩，从一见面就对彼此有了好感，她们很快成为无话不说的好朋友。而就从这一天起，各种奇怪的经历也接连在杏奈的身边发生，穿越时空的舞会、森林中的告白、悬崖的神秘之夜…
时间如同曼妙的旋律一般流淌，杏奈度过了如梦如幻的假期。而在这一过程中，她也无意间发现了玛妮的秘密…
